База результатов деятельности
научных работников ФИЦ ИнБЮМ
Научно-информационный отдел ФИЦ ИнБЮМ
+7 8692 54-55-50
sci-info@marine-research.org

Дата внесения публикации в базу 18-02-2019 12:47 не попадает в период стимулирования 01-09-2019 – 31-08-2020
Статья в периодическом издании

CpG Islands' Clustering Uncovers Early Development Genes in the Human Genome

WoS 0.613/Q4 SCOPUS 0.229/Q3
DOI 10.2298/CSIS170523004B
Язык Английский
Журнал Computer Science and Information Systems

ISSN: 1820-0214; Онлайн ISSN: 2406-1018
Год 2018
Выходные данные Том: 15, Номер: 2, Страницы: 473-485
Авторы
  1. Babenko V. N.
    Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia (ru)
    Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia (ru)
  2. Bogomolov A. G.
    Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia (ru)
  3. Babenko R. O.
    Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia (ru)
  4. Galieva E. R.
    Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia (ru)
  5. Orlov Yu. L.
    Доп. аффилиация: Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia (ru)
    Доп. аффилиация: Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia (ru)
Даты Поступила в редакцию: 23.05.2017
Принята к публикации: 30.04.2018
Абстракт We address the problem of the annotation of CpG islands (CGIs) clusters in the human genome. Upon analyzing gene content within CGIs clusters, piRNA, tRNA, and miRNA-encoding genes were found as well as CpG-rich homeobox genes reported previously. Chromosome-wide CGI density is positively correlated with replication timing, confirming that CGIs may serve as open chromatin markers. Early embryonic stage expressed KRAB-ZNF genes abundant at chromosome 19 were found to be interlinked with CGI clusters. We detected that a number of long CGIs and CGI clusters are, in fact, tandem copies with multiple annotated macrosatellites and paralogous genes. This finding implies that tandem expansion of CGIs may serve as a substrate for non-homologous recombination events.
Ключевые слова: CpG islands, bioinformatics, human genome, macrosatellite, genome annotation, genome repeats, DNA methylation
URL http://www.comsis.org/archive.php?show=ppr632-1705

Запись создана: 18-02-2019 12:47
Последнее изменение: 18-02-2019 12:54

Библиографическая ссылка:
Babenko V. N., Bogomolov A. G., Babenko R. O., Galieva E. R., Orlov Yu. L. CpG Islands' Clustering Uncovers Early Development Genes in the Human Genome // Computer Science and Information Systems. 2018. Vol. 15, no. 2. P. 473-485. DOI: 10.2298/CSIS170523004B
[WoS 0.613/Q4][SCOPUS 0.229/Q3]
Экспертное заключение: –
Индексация:
Web of Science
Статус
Да
Импакт-фактор/Квартиль(год)
0.613/Q4 (2017)
Идентификатор
000445798100010
SCOPUS
Статус
Да
Импакт-фактор/Квартиль(год)
0.229/Q3 (2017)
Идентификатор
2-s2.0-85049921542
РИНЦ
Статус
Нет
Идентификатор