База результатов деятельности
научных работников ФИЦ ИнБЮМ
Научно-информационный отдел ФИЦ ИнБЮМ
+7 8692 54-55-50
sci-info@marine-research.org

Число соавторов публикации - 3
Целевой показатель госзадания:
  • Материалы конференций, сборники которых включены в SCOPUS - Формула: (1)/корень квадратный из Nавторов = (1)/корень квадратный из 3 (1.7321) = 0.58
Количество соавторов публикации - 3
Публикации в изданиях, индексируемых в SCOPUS и не индексируемых в Web of Science (Proceedings Paper), K=1
  • Водясова Е. А.: количество аффилиаций - 1, вклад в КБПР публикации:
    формула: K/(Nсоавторов*Nаффил) = 1/(3*1) = 0.333
Материалы конференции

Impact of sequencing data filtering on the quality of de novo transcriptome assembly

DOI 10.1051/e3sconf/202127001014
Язык Английский
Конференция International scientific forum on computer and energy Sciences (WFCES 2021)
Место проведения: Almaty, Kazakhstan
Даты проведения: May 20-21, 2021
Год публикации 2021
Сборник E3S Web of Conferences
Выходные данные 2021. Vol. 270. Article 01014 (10 p.)
Авторы
  1. Meger Ya.
    Sevastopol State University, Sevastopol, Russia (ru)
  2. Водясова E. A. (Vodiasova E.)
  3. Lantushenko A.
    Sevastopol State University, Sevastopol, Russia (ru)
Абстракт There are many assemblers with different algorithms that are used for de novo transcriptome assembly. At the same time, the filtering stage, which is one of the key stages, also has several approaches and algorithms. However, to date, there are only few studies on the effect of the degree of filtration on the de novo transcriptome assembly, specially for single-end reads. In this paper, we analyzed transcriptomes obtained using two of the most common software (rnaSPADES and Trinity), and also applied various approaches to the stage of filtering reads. The key differences between the two assemblies were shown and the parameters that were sensitive to the degree of filtering and the length of the input reads were identified. An efficient two-stage filtering algorithm was also proposed, which allows one to preserve the volume of input data as much as possible with the required quality of all reads after filtering and trimming.
URL https://www.e3s-conferences.org/articles/e3sconf/abs/2021/46/e3sconf_wfces2021_01014/e3sconf_wfces2021_01014.html

Запись создана: 21-07-2021 09:17
Последнее изменение: 21-07-2021 09:21

Текущий статус издания
Библиографическая ссылка:
Meger Ya., Vodiasova E., Lantushenko A. Impact of sequencing data filtering on the quality of de novo transcriptome assembly // E3S Web of Conferences. 2021. Vol. 270. Article 01014 (10 p.).
[SCOPUS]
Экспертное заключение: № 356, 2020
Индексация на момент включения в базу:
Web of Science
Статус
Нет
SCOPUS
Статус
Да
Импакт-фактор/Квартиль(год)
–/– (–)
Идентификатор
2-s2.0-85108309252
РИНЦ
Статус
Нет
Идентификатор

В публикации указано госзадание:

Тема № 121030100028-0 «Закономерности формирования и антропогенная трансформация биоразнообразия и биоресурсов Азово-Черноморского бассейна и других районов Мирового океана» (предыдущий номер АААА-А18-118020890074-2)