База результатов деятельности
научных работников ФИЦ ИнБЮМ
Научно-информационный отдел ФИЦ ИнБЮМ
+7 8692 54-55-50
sci-info@marine-research.org

Число соавторов публикации - 3
Целевой показатель госзадания:
  • Научные публикации в журналах, индексируемых в WEB of Science - Формула: (3+ИФ)/корень квадратный из Nавторов = (3+)/корень квадратный из 3 (1.7321) = 1.73
  • Научные публикации в журналах, индексируемых в SCOPUS - Формула: (2+ИФ)/корень квадратный из Nавторов = (2+0.147)/корень квадратный из 3 (1.7321) = 1.24
  • Научные публикации в журналах, индексируемых в РИНЦ - Формула: (1+ИФ)/корень квадратный из Nавторов = (1+0.713)/корень квадратный из 3 (1.7321) = 0.99
Статья в периодическом издании

Новейшие технологии высокопроизводительного секвенирования транскриптома отдельных клеток

WoS –/– SCOPUS 0.147/Q4 РИНЦ 0.713
DOI 10.18699/VJ19.520
Язык Русский
Журнал Вавиловский журнал генетики и селекции

ISSN: 2500-0462; Онлайн ISSN: 2500-3259
Год 2019
Выходные данные Том: 23, Номер: 5, Страницы: 508-518
Авторы
  1. Водясова E. A.
  2. Челебиева Э. С.
  3. Кулешова О. Н.
Даты Поступила в редакцию: 14.09.2018
После доработки 30.05.2019
Принята к публикации: 30.05.2019
Абстракт Огромное количество полногеномных и транскриптомных данных, полученных с помощью современных технологий секвенирования нового поколения для целых организмов, не смогло дать ответы на многие вопросы в онкологии, иммунологии, физиологии, нейробиологии, зоологии и других областях науки и медицины. Так как основой всех одноклеточных и многоклеточных организмов является клетка, то необходимо изучение биологических процессов на ее уровне. Это понимание дало толчок развитию нового направления и появлению технологий, позволяющих работать с единичными клетками (технологии single-cell). Быстрое развитие не только приборной базы, но и различных усовершенствованных протоколов для работы с единичными клетками обусловлено актуальностью этих исследований во многих областях науки и медицины. Изучение особенностей различных этапов онтогенеза, определение закономерностей дифференциации клеток и последующего развития тканей, проведение геномного и транскриптомного анализов в различных областях медицины (особенно востребовано в иммунологии, онкологии), классификация типов и состояний клеток, закономерностей биохимических и физиологических процессов с применением технологий single-cell позволяют проводить комплексные исследования на новом уровне. Разработанные первые платформы для осуществления секвенирования транскриптомов отдельных клеток (scRNA-seq) проводили изоляцию не более ста клеток единовременно, что оказалось недостаточным в связи с выявленной высокой гетерогенностью клеток, обнаруженными минорными типами клеток, которые не детектировались по морфологическим признакам, и сложными регуляторными путями в организме. В настоящее время появились методики изоляции, захвата и секвенирования транскриптомов (scRNA-seq) десятков тысяч клеток единовременно. Однако новые технологии имеют определенные отличия как на этапе пробоподготовки, так и во время проведения биоинформатического анализа. В работе рассмотрены наиболее эффективные методы множественного параллельного scRNA-seq на примере современной платформы для изоляции и баркодирования клеток 10XGenomics, а также особенности проведения такого эксперимента, дальнейший биоинформатический анализ полученных данных, перспективы использования и области применения новых высокопроизводительных технологий.
Ключевые слова: scRNA-seq, транскриптомика, Chromium 10XGenomics, секвенирование, единичные клетки
URL http://www.bionet.nsc.ru/vogis/download/04_Vodiasova.pdf

Запись создана: 16-01-2020 14:46
Последнее изменение: 14-02-2020 15:02

Библиографическая ссылка:
Водясова E. A., Челебиева Э. С., Кулешова О. Н. Новейшие технологии высокопроизводительного секвенирования транскриптома отдельных клеток // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2019. Т. 23, № 5. С. 508-518. DOI: 10.18699/VJ19.520
[WoS –/–][SCOPUS 0.147/Q4][РИНЦ 0.713]
Экспертное заключение: № 577, 2020
Индексация:
Web of Science
Статус
Да
Импакт-фактор/Квартиль(год)
–/– (–)
Идентификатор
000490998400002
SCOPUS
Статус
Да
Импакт-фактор/Квартиль(год)
0.147/Q4 (2018)
Идентификатор
2-s2.0-85072778132
РИНЦ
Статус
Да
Импакт-фактор (год)
0.713 (2018)
Идентификатор
39213306

Публикация отнесена к госзаданию:
Тема АААА-А18-118020890074-2 «Закономерности формирования и антропогенная трансформация биоразнообразия и биоресурсов Азово-Черноморского бассейна и других районов Мирового океана»